Berbicara tentang penataan ruang tak hanya soal perencanaan, namun bagaimana pengendalian pemanfaatan ruang dapat diwujudkan. Hal ini demi mewujudkan tata ruang yang tertib sehingga pemanfaatan ruang dilakukan sesuai dengan Rencana Tata Ruang (RTR) yang telah ditetapkan. Peraturan Pemerintah Nomor 21 tentang Penyelenggaraan Penataan Ruang menyatakan bahwa pengendalian pemanfaatan ruang dilaksanakan untuk mendorong setiap orang agar menaati RTR yang telah ditetapkan, memanfaatkan ruang sesuai dengan RTR, dan mematuhi ketentuan yang ditetapkan dalam persyaratan KKPR. Pengendalian pemanfaatan ruang dilakukan melalui beberapa bagian, yakni penilaian pelaksanaan kesesuaian kegiatan pemanfaatan ruang, penilaian perwuiudan RTR, pemberian insentif dan disinsentif, serta pengenaan sanksi dan penyelesaian sengketa penataan ruang.
Pengendalian pemanfaatan ruang dapat dilaksanakan dengan melibatkan kelompok masyarakat, forum penataan ruang, asosiasi profesi, dan lainnya. Pelaksanaan pengendalian pemanfaatan ruang juga dapat dilakukan dengan menggunakan pengembangan inovasi teknologi, yaitu berupa pengaduan online, sistem teknologi informasi, dan lainnya.